La historia de esta ciudad se inicia a fines del siglo XVIII, con aquel fuerte de avanzada, denominado fuerte de Los Sunchales, también conocido como el de “la Virreina”, fue construido hacia la década de 1790 por órdenes del Teniente Gobernador Prudencio María de Gastañaduy, como parte de una serie de fuertes destinados a proteger la frontera norte de Santa Fe de las incursiones aborígenes.

Según Basilio María Donato -primer historiador sunchalense-, para la expedición de Manuel Belgrano hacia el Paraguay el fuerte tuvo que entregar 60 de los 78 blandengues que poseía y al menos dos de sus cañones. El fuerte habría quedado desprotegido y se vio diezmado por sucesivas incursiones aborígenes en los años subsiguientes (especialmente en los años 1828 y 1834). Se realizaron intentos de repoblarlo en 1837 y 1865. Hacia 1870 el fuerte cesó en el cumplimiento de sus funciones.   

Colonización
Hacia mediados del siglo XIX el Estado argentino (aún en proceso de consolidación) comenzó a impulsar la inmigración europea hacia el territorio nacional, con el fin de poblar y trabajar las grandes extensiones de tierra fértil disponibles. La máxima de Alberdi "gobernar es poblar" representa esta faceta del pensamiento de la elite dirigente del período. Si bien Alberdi pensaba en habitantes de las ciudades de los países mas industrializados de Europa (Inglaterra y el Norte de Europa), arribaron a estas tierras inmigrantes provenientes de las zonas rurales del sur de Europa (italianos y en segundo lugar españoles) y, en menor medida, alemanes, suizos, belgas e ingleses. No se trataba de los obreros industriales calificados con los que soñaba Alberdi y su generación, pero eran colonos que venían a tratar de plasmar aquí sus sueños y emplearían todos sus esfuerzos vitales para lograrlo. El trabajo arduo y el ahorro serían los medios que le permitirían, tal vez sino a ellos a sus hijos, tener una vida mejor que la que habían dejado atrás.

A partir de la década de 1860 el gobierno provincial decidió iniciar la colonización de Los Sunchales. Para esa fecha el fuerte estaba diezmado y en pocos años cesó oficialmente sus actividades. El proceso de colonización no fue para nada sencillo y recién se logró establecer un asentamiento estable en el tercer intento (1886).
El primer  intento de colonización  tuvo lugar en octubre-noviembre de 1867, con un final que no concretó sus objetivos. El segundo intento de colonización tuvo lugar entre 1868 y 1872, propuesta que tampoco llegó  cristalizarse.

Pero esta población, desde sus albores marcada por el tesón la perseverancia y una innegable cultura del trabajo, tuvo un tercer intento que floreció y hoy sigue vigente, en una ciudad pujante.

Tercer intento de colonización 
Se produjo en 1886 y la  ciudad fue erigida en su actual emplazamiento. Aunque generalmente se atribuye la repoblación de la colonia Sunchales a Carlos Christiani, la verdadera iniciativa provino de Guillermo Lehmann, uno de los empresarios colonizadores más activos de la provincia y fundador de 16 colonias (entre ellas la de Rafaela). Christiani (quien era une médico de origen alemán) se asoció a la empresa de Lehmann, y quedó encargado de llevar a la práctica el proyecto de colonización de Los Sunchales, se asoció  con el agrimensor Carlos Steigleder, quien se ocupó de la mensura y el trazado de la nueva colonia.

19 de octubre
Se toma esta fecha como fundacional dado que el gobernador de entonces, José Gálvez, el 19 de octubre de 1886 aprobó la traza de la colonia Sunchales, iniciándose  la última y definitiva colonización.
A partir de 1886 comenzó el poblamiento masivo de la colonia. La mayor parte de los inmigrantes provenían de Italia, especialmente de las regiones de Piamonte, Lombardía, y del Friuli, aunque también había colonos españoles y de otras nacionalidades.